Никита Ваганов родился в Москве в 1988 году. Обучался в Государственном музыкальном колледже имени Гнесиных (класс Владимира Ферапонтова), Высшей школе музыки Любека (класс Райнера Веле), Мадридской консерватории (класс Адольфо Гарсеса), Высшей школе музыки Штутгарта (класс Норберта Кайзера). Принимал участие в мастер-классах Сабины Майер, Эдуарда Бруннера, Висенте Альберолы, Серджо Босси.

Лауреат I Всероссийского конкурса кларнетистов в Москве (2003), Конкурса Possehl в Любеке (2009), Конкурса исполнителей на деревянных духовых инструментах под эгидой Lion’s Club в Штутгарте (2012), Международного конкурса имени П. И. Чайковского (2019).

В 2011 году совместно со студентами Высшей школы музыки Любека основал духовой секстет Cascade, ставший лауреатом Межвузовского конкурса среди студентов высших школ музыки Германии в Дюссельдорфе (2012). Сотрудничал с Международным молодежным оркестром IRO (Оксенхаузен, Германия), Балтийским молодежным оркестром под управлением Кристиана Ярви, Оркестром фестиваля в Вербье (Швейцария). Принимал участие в фестивале «Музыкальное лето в Обертсдорфе» (2013).

С 2013 года – солист группы кларнетов Симфонического оркестра Мариинского театра, также выступает с сольными и ансамблевыми программами.