Мария Лебедева родилась в Ленинграде. В 2010 году окончила Санкт-Петербургскую государственную консерваторию им. Н. А. Римского-Корсакова по специальностям орган (класс професссора Оксентян Н. И.) и клавесин (класс профессора Розанова И. В.). Также занималась фортепиано в классе доцента Ивановича А. В.
В 2012 году Мария окончила магистратуру на кафедре старинных клавишных инструментов Санкт-Петербургского государственного университета (класс органа профессора Зарецкого Д. Ф. , клавесина Шнееровой И. Б, а также по классу карильона профессора Й. Хаазена.).
В 2015 году окончила обучение в Высшей школе музыки и театра Гамбурга (Германия) под руководством профессора В. Церера (орган) и профессора Менно ван Делфта (клавесин и клавикорд) по программе «Исторические клавишные инструменты». В рамках обучения по данной программе, Мария стажировалась в течение полугода в г. Гронингене (Голландия) в классах органа проф. Эрвина Вирсинги и проф. Тео Еллема, классе клавесина проф. Йохана Хофмана и классе старинного фортепиано проф. Пола Комена.
С 2013 года обучается в ассистентуре-стажировке в Санкт-Петербургской государственной консерватории им. Н. А. Римского-Корсакова под руководством проф. Д. Ф. Зарецкого.
С 2012 года Мария преподаёт на кафедре органа, клавесина и карильона Санкт-Петербургского государственного университета.
Является дипломантом и лауреатом всероссийских и международных конкурсов.
Стажировалась на многих международных органных академиях (Финляндия, Голландия, Швейцария, Германия и др.). Участвовала в мастер-классах ведущих российских и зарубежных органистов.
Мария ведет активную концертную деятельность как солистка и в составе ансамблей в России (СПб, Ярославль, Архангельск, Ханты-Мансийск, Белгород и др.) и за рубежом (Финляндия, Германия, Эстония, Беларусь, Украина, Голландия).