Àë¸íà Áàáåíêî ðîäèëàñü â Êåìåðîâî â ñåìüå èíæåíåðà è ïðåïîäàâàòåëÿ ôîðòåïèàíî.  äåòñòâå çàíèìàëàñü ìóçûêîé è õîðåîãðàôèåé. Áóäó÷è ñòóäåíòêîé Òîìñêîãî óíèâåðñèòåòà, óâëåêëàñü òåàòðîì è âòîðîå îáðàçîâàíèå ïîëó÷èëà âî Âñåðîññèéñêîì ãîñóäàðñòâåííîì óíèâåðñèòåòå êèíåìàòîãðàôèè èìåíè Ñ.À.Ãåðàñèìîâà.

Øèðîêóþ ïîïóëÿðíîñòü àêòðèñå ïðèíåñëè åå ðàáîòû â êèíî.  2004 ãîäó îíà ñûãðàëà ãëàâíóþ ðîëü â ôèëüìå Ïàâëà ×óõðàÿ «Âîäèòåëü äëÿ Âåðû», çà êîòîðóþ ïîëó÷èëà íàãðàäû êèíîôåñòèâàëåé â Àíôë¸ðå è Ìèíñêå, à òàêæå ïðåìèè «Çîëîòîé îðåë» è «Íèêà». 

Ñ 2008 ãîäà Àë¸íà Áàáåíêî — àêòðèñà Ìîñêîâñêîãî òåàòðà «Ñîâðåìåííèê».

 2013 ãîäó ïðèñóæäåíî çâàíèå çàñëóæåííîé àðòèñòêè Ðîññèè.

Âñåãî ôèëüìîãðàôèÿ àêòðèñû íàñ÷èòûâàåò áîëåå 90 ðîëåé. Ñàìûìè çàïîìèíàþùèìèñÿ êàðòèíàìè ñòàëè «Ëåáåäèíûé ðàé», «Äåòè Âàíþõèíà», «Ëþáè ìåíÿ», «×¸ðòîâî êîëåñî», «Ñâîè äåòè», «Êàíèêóëû ñòðîãîãî ðåæèìà». Ðàáîòàÿ ñ ëåãåíäàðíûì Ýëüäàðîì Ðÿçàíîâûì, Àëåíà Áàáåíêî ñîçäàëà ïðåêðàñíûå îáðàçû â êàðòèíàõ «Àíäåðñåí. Æèçíü áåç ëþáâè» è «Êàðíàâàëüíàÿ íî÷ü-2». Â 2017 ãîäó íà ýêðàíû âûøëà äðàìà «Ìîòûëåê», ãäå àêòðèñà âûñòóïèëà â êà÷åñòâå ïðîäþñåðà è ñûãðàëà ãëàâíóþ ðîëü. Èç ñàìûõ ïîñëåäíèõ ðàáîò ìîæíî íàçâàòü «Âåðòèíñêèé», «Äîêòîð Ðèõòåð» è ìíîãèå äðóãèå.