Виллибальд Гуггенмос начал свою карьеру органиста в десять лет. Получил образование сначала в Университете музыки в Аугсбурге (Германия), затем – в Высшей школе музыки в Мюнхене, получив три магистерских степени (фортепиано, дирижирование и орган).
С 1984 по 2001 год занимал должность органиста в церкви Святого Мартина в Ванген-им-Алльгой (Южная Германия), где также руководил музыкальными программами. В 1985 году Гуггенмос исполнил все органные сочинения И.С.Баха в 14 концертах. С 2001 по 2004 год - органист, второй дирижер и программный директор в Мюнхенском соборе (Liebfrauendom). В январе 2004 года был назначен органистом в соборе Санкт-Галлена (Швейцария).

В качестве органиста побывал во многих уголках планеты: почти во всех странах Европы, в Северной Америке, Канаде, Исландии, России, на Багамских островах и различных островах Карибского бассейна, в Австралии, Новой Зеландии, Гонконге и на Дальнем Востоке. Его концерты проходили в Соборе Парижской Богоматери, соборе Святого Павла, соборах Севильи, Копенгагена, Упсалы, Цюриха, Брюсселя, Мессины, Антверпена, Кельна, Варшавы, Риги, Рейкьявика, Аосты, Сан-Франциско, Оттавы, Сиднея и Мельбурна, оратории Святого Иосифа в Монреале, а также в таких концертных залах, как Мюнхенская филармония, St. Georges-Hall в Ливерпуле, Гонконгский культурный центр, Сиднейская и Веллингтонская. Принимал участие в Брукнеровском фестивале в Линце и в музыкальных неделях в Сан-Себастьяне.
Репертуар включает в себя все органные сочинения Баха, Франка, Листа, Моцарта, Мендельсона, Брамса, Боэльмана, Стеле и Дюрюфле, большинство произведений для органа Регера, Дюпре и Мессиана.
Он осуществил несколько записей для телевидения и радио во многих странах. Лучшие фрагменты его CD были записаны на самом большом органе Швейцарии (в Энгельберге), а также на знаменитом органе мастера А.Кавайе-Коля в Аскойтии (Испания) и на легендарном знаменитом Большом органе в ратуше Сиднея (Австралия).
Музыкальные обозреватели отмечают его «фантастическую технику и музыкальность» (New York Times).