Бòльшая часть творческой жизни Сергея Скрипки связана с Российским государственным симфоническим оркестром кинематографии. Он начал сотрудничать с этим коллективом в 1977 году, будучи студентом Московской консерватории (класс Л.Гинзбурга). С 1993 года – художественный руководитель и главный дирижер оркестра. Под руководством Сергея Скрипки Оркестр кинематографии озвучил большинство отечественных кинолент, а также ряд зарубежных фильмов. За это время маэстро обрел уважение коллег, а его творчество стало неотъемлемой частью отечественного кинематографа. Творческая дружба связывает музыканта с известными мастерами кино. Неоднократно на сцену с маэстро и его оркестром выходили выдающиеся режиссеры – Э.Рязанов, Н.Михалков, С.Соловьёв, П.Тодоровский, знаменитые артисты, композиторы, сценаристы. Слушателям запомнились яркие программы, посвященные юбилеям Г.Гладкова, Э.Артемьева, А.Зацепина, А.Рыбникова, В.Дашкевича, П.Бюльбюль-оглы, М.Дунаевского, вечера памяти Т.Хренникова, А.Петрова, И.Шварца, Е.Птичкина, О.Фельцмана, М.Таривердиева, Н.Богословского, К.Молчанова, Г.Гараняна, Р.Быкова.
Больше десяти лет Сергей Скрипка и оркестр кинематографии осуществляют в Московской филармонии уникальный проект – персональный абонемент «Живая музыка экрана».
Сергей Скрипка сотрудничал со многими российскими коллективами, гастролировал в России и за рубежом. Выступал и записывался с известными солистами – М.Плетнёвым, Д.Хворостовским, С.Судзиловским, А.Ведерниковым, Л.Казарновской, А.Любимовым, А.Диевым, Р.Замуруевым, А.Гиндиным, А.Набиулиным, А.Баевой, Г.Казазяном, Н.Борисоглебским и другими.
С 1975 года руководит Жуковским симфоническим оркестром. В течение 27 лет был профессором кафедры оркестрового дирижирования РАМ имени Гнесиных. В репертуаре дирижера – произведения разных эпох и жанров: от барокко до новейшей музыки, от высокой классики до лучших образцов эстрады. Впервые в России маэстро исполнил ораторию «Страсти по Марку» Р.Кайзера, а также осуществил первые записи на CD ряда произведений Глиэра, Мосолова, Шебалина, Денисова. В 2018 году Сергей Скрипка провел мировую премьеру реквиема «Девять шагов к преображению» Эдуарда Артемьева. Постоянный участник жюри кинофестивалей и музыкальных конкурсов. Входит в состав двух российских киноакадемий – «НИКА» и «Золотой орёл», член Союза кинематографистов России. Заслуженный деятель искусств Российской Федерации (1993), Народный артист Российской Федерации (1998), Почётный гражданин города Жуковского (2004), лауреат премии Правительства России в области культуры (2010), награжден Орденом Почета (2016).