Валентин Нестеров руководил хорами, симфоническими оркестрами, работал с оперными коллективами. В настоящее время - профессор Петербургской консерватории. В 60-70-е годы в сфере его интересов находилась преимущественно музыка средневековья (осуществлены многочисленные записи). Под управлением дирижера были исполнены оперы Пёрселла, Перголези, Верди, Пуччини, Чайковского, оратории Шютца, Генделя, Онеггера, кантаты и оратории Баха, мессы Моцарта, Шуберта, Верди, Яначека, Стравинского. Также в репертуаре В.Нестерова - симфонии Бетховена, Брамса, Брукнера, Чайковского, Малера, Скрябина, Рахманинова, Шостаковича, Пендерецкого. С особенным пиететом на протяжении многих лет дирижер исполняет Реквием Моцарта - он впервые участвовал в исполнении Реквиема в 1953 году как певчий Хора мальчиков под управлением С.Самосуда.