Кристоф Шёнер родился в Хайдельберге, учился в Консерватории Фрайбурга, Париже и Амстердаме.
Органист – музыкальный руководитель Церкви Св. Михаила в Гамбурге, хормейстер хора St. Michaelis. В 1998 году был музыкальным руководителем в Леверкузене и хормейстером Bachchor, преподавал в Консерватории им. Р. Шумана в Дюссельдорфе. В 2004 году занимал пост художественного руководителя 79-го Бах-Фестиваля. С января 2014 г. преподаёт в Высшей школе музыки и театра им. Ф. Мендельсона в Лейпциге.
В репертуаре Кристофа Шёнера все крупнейшие сочинения Баха, а также большинство работ для хора и оркестра Монтеверди, Генделя, Моцарта, Мендельсона, Брамса, Верди, Листа, Пуленка, Рима и Бернстайна, которые он исполняет с хором St. Michaelis.
Как органист Шёнер неоднократно давал концерты в Европе и США. Записал свыше 10 дисков с сочинениями Баха, Мендельсона, Листа, Брамса, Ройбке, Видора, Вьерна и Регера.