Серж Шоонбродт родился в Эйпене (Бельгия), в семье музыкантов. Пел в хоре собора Нотр-дам де Пари. Записал целый ряд CD с музыкой французских композиторов эпохи барокко на исторических органах. Выступал с концертами в Европе и Южной Америке. В 2006 и 2007 годах был руководителем большого музыкального фестиваля в Перу.

Стипендиат фонда Spes. Член правления фонда своего отца Хьюберта Шоонбродта, поддерживающего реставрацию органов во франкоговорящей Бельгии. С 2011 года принимает участие в кросс-музыкальных проектах, объединяющих органное искусство с хип-хопом, современным цирком и танцем.

Серж Шоонбродт регулярно дает мастер-классы по интерпретации старинной музыки.