Гернот Винишхофер родился в Вене. Он окончил с отличием Венскую Академию музыки, где его педагогом был прославленный венгерско-французский скрипач и дирижёр Шандор Вег и (также с отличием) Московскую государственную консерваторию им.П.И.Чайковского (класс В.Климова). Как участник международных мастер-классов зальцбургского «Моцартеума» он совершенствовал своё мастерство под руководством таких выдающихся мастеров, как М.Росталь и В.Шнайдерхан.

Обладатель ряда солидных национальных и международных премий и наград, Гернот Винишхофер выступал как солист на самых престижных концертных площадках Европы, Америки и Азии, в частности, с такими дирижёрами как К.Тилеман и С.Сондецкис. Помимо этого он приобрёл широкую известность как ансамблист, в числе прочего выступая с такими музыкантами, как .Сук, И.Ойстрах, Т.Гринденко и П.Гилилов. Гернот Винишхофер является основателем (совместно с Игорем и Валерием Ойстрахами) Ансамбля «Ойстрах», Венского филармонического фортепьянного квинтета и ансамбля ”Trio di Vienna”, а также художественным руководителем фестиваля “Ost-West-Musikfest”, основанного им в 1987 году. В 2010 году им при активном творческом содействии Саулюса Сондецкиса был создан камерный оркестр “Camerata Vienna”, эстетически ориентированный на воплощение венского идеала звучания.

Гернотом Винишхофером записано множество музыкальных дисков, он регулярно участвует в теле- и радиопрограммах, посвящённых классической музыке и ведёт активную педагогическую деятельность в рамках интернациональных семинаров для детей и юношества.